Pôle Agriculture-Environnement-Biodiversité (AEB)

Plateformes, plateaux techniques, infrastructures et services

Analyses de l’ADN, génotypage, et génomique

  • Plateforme Montpellier GenomiX (MGX) de l’Unité Mixte de Service Biocampus,qui offre des technologies de pointe dans le domaine de la génomique. Elle fait partie de l’Infrastructure nationale France Génomique.
    • Notamment via :
      • Plateforme qPCR Haut-Débit – génomique environnementale qui permet laquantification de l’expression génique par PCR quantitative (qPCR), la détection/quantification virale ou bactérienne, et le génotypage par courbe de fusion haute résolution (HRM).
  • Plateau de Génotypage et de Séquençage (GenSeq) qui est spécialisé dans les technologies d’analyse génétique moléculaire dans le cadre de programmes d’études portant principalement sur la Biologie Evolutive et l’Ecologie des espèces sauvages et/ou patrimoniales
  • Plateau d’ADN dégradé (ANDdeg) qui permet l’extraction d’ADN dégradé avec la rigueur scientifique indispensable à l’authentification des résultats (laboratoires pré- et post-PCR physiquement séparés ; locaux et équipements strictement dédiés aux expériences pré-PCR).
  • Plateau Cytogénomique Evolutive (CytoEvol) qui permet l’analyse de la structure et du contenu des caryotypes et des chromosomes et de la chromatine.
  • Plateau Biodiversité moléculaire qui est dédié à l’analyse de la diversité du vivant via l’étude de la variation génétique, transcriptomique et épigénétique chez des organismes non-modèles variés (animaux, plantes, champignons, microbes).
  • Plateforme Analyse fonctionnelle et édition des génomes (AFEG) qui a pour vocation d’offrir, aux communautés scientifiques végétalistes, l’environnement et les outils pour conduire chez les espèces méditerranéennes et tropicales les études permettant d’élucider la fonction des gènes.
  • Plateau de cytogénétique moléculaire qui qui visent à étudier l’architecture des génomes à l’échelle des chromosomes, et à analyser les appariements chromosomiques.
  • Plateforme Génomique, Ecologie Moléculaire, Evolution Expérimentale (GEMEX) qui permet la mise au point d’outils et de techniques de biologie moléculaire, de génomique et bioinformatique, de microbiologie et leur mise à disposition.
  • Plateforme Epigénomique, Environnementale (P2E) qui offre la possibilité d’effectuer des expériences de biologie moléculaire (« wet-bench ») et l’analyse des données issue d’approches de séquençage massif (« dry-bench ») dans les domaines de l’épigenétique, épigénomique et épigénétique des populations.
  • Plateau technique « Biologie Moléculaire » qui permet de générer des données génétiques nécessaires à la caractérisation de la biodiversité et aux études de phylogénie et de génétique des populations mais également à l’étude de la structure des génomes, de l’adaptation des organismes, et de la fonction des gènes pour des espèces ou communautés d’intérêt.

Analyses chimiques, biologiques, biotechnologiques, physiologiques

  • Plateforme ECOTROP qui permet la réception, la préparation, le stockage et la manipulation de sols de pays tiers nécessitant une mesure de quarantaine (niveau L2).
  • Analyses chimiques en écologie (PACE) qui permet la réalisation d’analyses chimiques (et microbiologiques), sans restriction a priori sur le groupe taxonomique ou l’écosystème.
  • Plateau Ecophysiologie qui étudie et vise à comprendre le fonctionnement physiologique et les réponses adaptatives des plantes dans leur environnement.
  • Plateau mycologie quipermet la manipulation et l’étude de champignons compatibles au niveau de confinement L1 et regroupe une collection de champignons pathogènes.
  • Plateau Ingénierie cellulaire (InCell) quimaîtrise différentes approches d’ingénierie cellulaire appliquées à l’amélioration d’espèces tropicales et méditerranéennes principalement en termes de réponses adaptatives aux contraintes biotiques et abiotiques.
  • Plateau Bioch&Spir quipermet d’identifier et d’analyser des métabolites d’intérêt pour participer à la compréhension du fonctionnement des plantes dans leur environnement et de leurs réponses adaptatives.
  • Plateau de caractérisation des semences permet la caractérisation des semences et l’étude de cinétiques de germination avec un automate dédié.
  • Plateforme d’Electrophysiologie des plantes (PEP) qui offre des possibilités d’expression hétérologue dans différents systèmes cellulaires animaux et végétaux et caractérisation fonctionnelle de protéines membranaires, notamment par des approches d’électrophysiologie.
  • Plateforme Polyphénols (PFP) qui permet la caractérisation et l’analyse des composés phénoliques ou des systèmes supramoléculaires les impliquant.
  • Laboratoire de méthodes spectrales qui permet l’analyse de grandes séries d’échantillons de produits agroalimentaires par des méthodes telles que la Spectrométrie Proche Infrarouge (SPIR) et la Spectroscopie de Fluorescence Frontale.
  • Laboratoire de biologie moléculaire quipermet la mise en œuvre des outils de biologie moléculaire pour la caractérisation des communautés microbiennes (bactéries et champignons) des matrices alimentaires.
  • Laboratoire d’analyse des contaminants qui a un savoir-faire reconnu pour l’analyse des mycotoxines qui s’appuie sur des méthodes de référence au niveau international et validées dans le cadre d’essais inter-laboratoires.
  • Laboratoire de microbiologie qui est dédié à l’étude des microorganismes procaryotes et eucaryotes des groupes 1 et 2. Il peut s’agir de flores pathogènes (bactéries, moisissures mycotoxinogènes) ou de flores technologiques d’intérêt (fermentation, biopréservation, biocontrôle…).
  • Laboratoire d’optique qui a pour objectif le développement de capteurs pour la caractérisation des milieux qui sont aux cœurs des agrobioprocédés. Fait partie du réseau Hélio-SPIR.
  • Plateau Technique histologie / biomécanique dédié à la machine de tests mécaniques Instron 5200 équipée d’un extensomètre avec vidéo qui peut être utilisé sur une large gamme de paramètres, y compris la résistance en flexion et la rupture.
  • Plateau de biologie moléculaire & de transcriptomique pour des analyses fines de biologie moléculaire, du dosage et du contrôle qualité des acides nucléiques à l’étude d’expression de gènes des hôtes et/ou des pathogènes pouvant aller jusqu’au haut débit.
  • Plateau de cytométrie en flux qui permet la mesure simultanée de plusieurs caractéristiques physiques (taille et granularité) et moléculaires de nombreux types cellulaires (eucaryotes, bactéries, levures, parasites…), de molécules membranaires (récepteurs, protéines de surface) ou intracellulaires par la technologie de cytométrie.
  • Plateforme technique de Montpellier de l’UR Recyclage et Risques,dispose d’équipements permettant de réaliser des analyses : CPG, COTmètre Shimadzu, HPIC, incubateurs, dispositifs expérimentés d’élution sur colonne, banc Wind, infiltromètre, phytotrons, salle de broyage.
  • Dispositif d’analyse en laboratoire (DAL) regroupe l’ensemble des compétences techniques, des équipements et des espaces de l’UMR nécessaires à l’observation, la mesure et l’expérimentation en Laboratoire.
  • Laboratoire de physiologie qui est un appui aux recherche conduites à l’UMR SELMET sur la physiologie des animaux d’élevage, avec analyse (dosages biochimiques et immunologiques : RIA, ELISA…) d’un ensemble de métabolites sanguins (mise au point et réalisation des dosages : glucose, AGNE, BOHB, progestérone, LH, insuline, T3…).
  • Extraction et analyses biochimiques qui permet de caractériser les molécules constitutives du caoutchouc naturel, les macromolécules et extractibles présents dans les biomasses végétales.

Imagerie

  • Plateforme Montpellier Rio Imaging (MRI) de l’Unité Mixte de Service Biocampus, qui est la plateforme d’imagerie cellulaire de la région Montpelliéraine et qui offre un accès à une instrumentation de pointe en Microscopie optique et électronique, Cytométrie en flux et microtomographie RX.
  • Plateau de microtomographie (RX) qui utilise la microtomographie (XMT), méthode d’analyse structurale non destructive combinant une technique d’imagerie par rayons X et des algorithmes tomographiques.
  • Plateau microtomographie quipermet l’étude de la structure interne d’un objet (biologique ou non biologique) de manière non destructive.
  • Plateau d’imagerie in vivo, dispositif d’imagerie permettant d’étudier l’infection chez l’animal et de suivre les animaux infectés grâce à un pathogène marqué en bioluminescence. Ce système est non seulement applicable sur les petits rongeurs souris, rats, mais aussi sur des tiques et autres insectes.
  • Plateau d’imagerie, permet l’imagerie d’agents pathogènes ou symbiotiques dans les plantes et/ou insectes vecteurs.

Alimentation, transformations alimentaires et non alimentaires, analyse sensorielle

  • Atelier de Technologie Alimentaire (ATA) de l’Université de Montpellier, qui est une Plateforme Technologique dédiée à l’enseignement, la recherche et le transfert de technologies, dans le domaine des industries agro-alimentaires et bio-industries.
  • Plateforme de technologie agroalimentaire spécialisée dans le domaine du génie des procédés alimentaires, et qui met son expertise pluridisciplinaire à la disposition des projets de recherche en lien avec les pays du Sud et au service des centres techniques et des entreprises agroalimentaires régionales.
  • Plateforme de pharmacologie des micronutriments qui a pour domaine de compétence la pharmacologie fonctionnelle et moléculaire des produits issus de la biodiversité alimentaire visant à caractériser les effets santé de l’aliment.
  • Laboratoire d’analyse sensorielle qui propose des expertises, des prestations de service ou des appuis scientifiques en analyse sensorielle aux différents projets de recherche conduits sur les produits tropicaux d’origine végétale ou animale.
  • Plateau de biotechnologie qui permet la culture de microorganismes et la production, la purification et la caractérisation de biomolécules et de protéines.
  • Durabilité et protection du bois pour effectuer des essais de durabilité et d’évaluation de l’efficacité des différents systèmes de protection des bois et matériaux dérivés.
  • Caractérisations physiques et mécaniques réalise des essais de caractérisation des propriétés des bois tropicaux et méditerranéens, de produits dérivés du bois, ou d’autres matériaux ligneux (cocotier, bambou, …).
  • Extraction et analyses biochimiques qui permet de caractériser les molécules constitutives du caoutchouc naturel, les macromolécules et extractibles présents dans les biomasses végétales.
  • Centre d’usinage dispose de tous les équipements nécessaires et adaptés pour les différentes phases d’usinage et de transformation des bois tropicaux et tempérés étudiés.
  • Réacteurs à l’échelle laboratoire sur lesquels sont réalisées des études plus fondamentales dont l’objectif est de mieux contrôler les mécanismes de transformation thermochimique des procédés de valorisation.
  • Réacteurs semi-industriels qui permet d’étudier les transformations par pyrolyse, torréfaction, combustion et gazéification à des échelles suffisamment importantes (10 à 100 kWh), permettant de prédire le comportement de futurs procédés industriels innovants de valorisation de la biomasse.

Vecteurs, bioagresseurs et maladies

  • Vectoplante qui regroupe un ensemble de plateaux dédiés aux élevages et aux manipulations d’insectes vecteurs de pathogènes de plante.

Serres expérimentales et expérimentations, agronomiques, écologiques et végétales en milieux contrôlés

  • Réseau des Serres Expérimentales de Montpellier (RéSEM) qui a pour rôle de fédérer la communauté des utilisateurs de serres destinées à l’expérimentation et à l’enseignement, mais aussi de structurer et mutualiser une politique selon un ensemble de directions (réglementations, aspects environnementaux et énergétiques, facturation, ergonomie, métrologie, formation, veille technologique …).
  • Plateformes de phénotypage des plantes de Montpellier (M3P : Montpellier Plant Phenotyping Plateform) qui réalise des phénotypages haut débit permettant d’analyser et de modéliser la variabilité génétique de la réponse des plantes aux stress environnementaux et aux changements climatiques (sécheresse, hautes températures notamment). Membre de l’Infrastructure nationale de phénomique végétale PHENOME-EMPHASIS,
  • Plateau cultures végétales met à disposition de la communauté scientifique des outils (serres et phytotrons) pour répondre aux grands enjeux tels que le changement climatique, sécurité alimentaire, résistance stress biotique et abiotique…).

Participation aux infrastructures nationales de recherche :

Expérimentations et observations agronomiques et/ou écologiques au champ et/ou in situ

  • Unité expérimentale DIASCOPE lieu d’étude et d’observation de la Diversité (des plantes et de la biodiversité en général) et de leurs capacités d’Adaptation à des environnements divers. Membre de l’Infrastructure nationale de phénomique végétale PHENOME-EMPHASIS, pour la Plateforme DiaPhen)
  • Unité expérimentale de Pech Rouge pour concevoir et organiser des recherches concernant la filière viticulture œnologie, tout en assurant le transfert et la valorisation des actions les plus innovantes.
  • Site expérimental de Puéchabon dédié à l’étude des thèmes environnementaux majeurs dont la biodiversité, les changements globaux à l’échelle de la planète et le développement durable. Membre de l’Infrastructure nationale d’Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes (AnaEE-France)
  • Terrain d’Expérience du CEFE qui est unlieu de création et de collecte de données par la mise en place d’expérimentations in-situ en conditions naturelles ou contrôlées dans les domaines de l’écologie. Labellisée par le Labex Cemeb.

Participation aux infrastructures nationales de recherche :

Terre, eau et environnement : mesure, expérimentation et observation

  • Plate-forme Régionale EcoTech, qui a pour but de stimuler l’innovation dans le domaine des éco-technologies pour l’agriculture, l’agro-alimentaire, les énergies renouvelables, le traitement de l’eau et des déchets : Plateforme Biotechnologie et Bioraffinerie environnementales (Bio2E) – Plateforme de recherche et d’expérimentation dédiée à l’irrigation (PReSTI) – Plateforme technique Réduction des pollutions agricoles par les pesticides (REDUCPOL) – Plateau Technique Valorisation énergétique de biomasses (BIOFUEL)
  • Plateaux Techniques de Geosciences Montpellier. La recherche à Géosciences Montpellier s’articule autour de 5 plateaux techniques et analytiques : Géochimie, Microscopie et Micranalyses, Expérimentation, Instrumentation de terrain et Préparation des roches

Fait partie du Réseau Géochimique et Expérimental Français de l’INSU (RéGEF) et de l’Infrastructure de Recherche LIttorale et COtière (ILICO)

  • Plateforme Programmes à Long Terme qui permet de faciliter la conduite des nombreux programmes de terrain à long terme développés par les équipes du CEFE et d’aider à leur pérennisation, en mutualisant le matériel pour le travail de terrain, le stockage et la valorisation des collections.
  • Pôle observations et expérimentations qui a pour mission la mise en place d’expérimentations et la réalisation de mesures au laboratoire et sur le terrain, dans le cadre de l’Observatoire de Recherche OMERE et pour les projets de recherche portés par les équipes scientifiques du LISAH
  • Pôle terrain, regroupe des instrumentations et mesures en sciences hydrologiques et hydrogéologiques.
  • Plateau Morphométrie permet la prise de photos et de mesures de graines et fruits, de dents et de traits anatomiques du bois.
  • Plateau Carpologie-Anthracologie permet la conservation dans les sédiments archéologiques ou certains sols naturels, à l’état carbonisé, gorgé d’eau, plus rarement desséché ou minéralisé.
  • Plateau Palynologie regroupe le laboratoire d’extraction/traitement pollinique (plate-forme PollenExtra) et la salle de microscopie optique.
  • Plateau Morphométrie permet la prise de photos et de mesures de graines et fruits, de dents et de traits anatomiques du bois.
  • Plateau préparation pour les extractions et les préparations chimique ou mécanique du matériel d’étude, qu’il soit paléontologique, archéologique ou actuel.

Participation aux infrastructures nationales de recherche :

Infrastructures numériques, outils en ligne, plateformes collaboratives, modélisation

  • Pl@ntNet une plateforme participative pour l’identification des plantes et la biodiversité végétale.
  • Plateforme South Green de bioinformatique une plateforme Bioinformatique dédiée à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d’intérêt agronomique.
  • Plateforme Mimosa une plateforme intégrée de modélisation et de simulation multi-paradigme.
  • Plateforme Cormas uneplateforme de modélisation et de simulation multi-agent spécialisée pour la gestion des ressources renouvelables.
  • Montpellier Bioinformatics Biodiversity platform (MBB) qui propose l’hébergement de logiciels, l’assistance au développement logiciel, l’accès au cluster de calcul, aux machines « big data » pour données de génomique haut débit notamment, à des pipelines d’analyse bioinformatique, et au serveur RStudio. Labellisée par le Labex Cemeb
  • Dispositif d’écologie numérique (DEN) l’objectif est la mise en place, la coordination et la mutualisation des moyens techniques ainsi que l’échange de méthodologies et de nouvelles approches en support aux aspects numériques des travaux de recherche scientifique.
  • Plateau de bioinformatique est dédié à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d’intérêt agronomique.

Participation aux infrastructures nationales de recherche :

Collections et ressources génétiques

Participation aux infrastructures nationales de recherche :